Les règles encadrant les arrêts maladie évoluent à compter du 1er septembre 2026. La LFSS 2026 (loi de financement de la sécurité sociale) introduit plusieurs mesures visant à mieux encadrer la prescription médicale des arrêts de travail, à renforcer le contrôle médical et à mieux maîtriser les dépenses liées aux indemnités journalières.
Pour les entreprises, ces évolutions auront un impact direct sur la gestion de la paie, le suivi de l’absentéisme, le maintien de salaire et la gestion des IJSS.
Voici ce qu’il faut retenir.
Une durée maximale désormais fixée pour les arrêts maladie
Jusqu’à présent, un médecin prescripteur, une sage-femme ou un chirurgien-dentiste disposait d’une certaine liberté pour fixer la durée d’un arrêt de travail.
À partir du 1er septembre 2026, cette durée sera plafonnée.
Première prescription : 31 jours maximum
Lors d’une première prescription médicale, la durée de l’arrêt maladie ne pourra pas dépasser :
✅ 31 jours maximum
Cette règle s’applique aux prescriptions réalisées :
- en médecine de ville ;
- à l’hôpital ;
- par les médecins, sages-femmes et chirurgiens-dentistes.
Renouvellement : une durée limitée à 62 jours
En cas de renouvellement, l’arrêt pourra être prolongé dans une limite de :
✅ 62 jours maximum
Ce nouveau cadre vise à harmoniser les pratiques de prescription et à mieux encadrer les arrêts prolongés.
Des dérogations restent possibles
Le professionnel de santé pourra toutefois prescrire une durée supérieure si la situation du salarié le justifie.
Cela peut notamment concerner :
- une pathologie lourde ou complexe ;
- un état de santé nécessitant un suivi spécifique ;
- une activité professionnelle incompatible avec une reprise rapide.
Dans ce cas, la justification devra apparaître sur la prescription.
Les arrêts maladie de plus de 3 mois seront davantage contrôlés
Autre évolution majeure : les arrêts longs feront l’objet d’une surveillance renforcée.
À partir du 1er septembre 2026, lors du renouvellement d’un arrêt maladie de plus de 3 mois, le prescripteur pourra solliciter l’avis du service du contrôle médical de l’Assurance Maladie.
L’objectif est de :
- mieux suivre les arrêts longue durée ;
- favoriser la reprise du travail lorsque cela est possible ;
- limiter les prolongations non justifiées.
AT/MP : ce qui change aussi en 2027
La réforme ne concerne pas uniquement les arrêts maladie classiques.
À compter du 1er janvier 2027, les indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) versées en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle seront limitées dans le temps.
Une durée maximale de versement de 4 ans
Aujourd’hui, les IJSS AT/MP sont versées jusqu’à :
- la guérison ;
- la consolidation ;
- ou le décès.
Demain, leur versement sera plafonné à :
✅ 4 ans maximum
Au terme de cette période, l’incapacité sera réputée permanente.
Une exception pour le temps partiel thérapeutique
Cette limitation ne s’appliquera pas aux salariés en :
✅ temps partiel thérapeutique
Par ailleurs, si un salarié reprend son activité pendant au moins un an avant une nouvelle interruption, un nouveau délai de 4 ans pourra recommencer.
Tableau récapitulatif : les changements à retenir
Avant d’aborder les impacts concrets pour les entreprises, voici un résumé des principales évolutions.
| Sujet | Avant le 1er septembre 2026 | Après le 1er septembre 2026 |
| Durée d’une première prescription d’arrêt maladie | Pas de durée maximale réglementaire précise | Limitée à 31 jours maximum |
| Durée d’un renouvellement | Pas de plafond spécifique | Limitée à 62 jours maximum |
| Arrêts longue durée | Pas de seuil formalisé de contrôle | À partir de 3 mois, avis possible du service du contrôle médical de l’Assurance maladie |
| Prescription médicale | Liberté de prescription plus large | Encadrement renforcé, sauf dérogation justifiée |
Ces évolutions réglementaires marquent un durcissement du cadre des arrêts maladie et appellent les entreprises à renforcer leur vigilance sur la gestion des absences et leur traitement en paie.
Pour rappel, les décrets du 12 juin 2026 officialisent le plafonnement de la durée des arrêts de travail prescrits et renouvelés à compter du 1er septembre 2026.
Quel impact sur la paie, les IJSS et la gestion des arrêts de travail ?
Les changements concernent directement les équipes RH et paie.
Les employeurs devront renforcer leur suivi des absences afin de mieux anticiper :
- les arrêts longs ;
- les prolongations ;
- les remplacements ;
- les impacts financiers.
Cette réforme peut également avoir des conséquences sur :
- le maintien de salaire ;
- la subrogation ;
- le traitement des IJSS en paie ;
- le pilotage de l’absentéisme.
Les arrêts maladie font partie des variables de paie les plus sensibles à traiter. Une erreur dans le calcul des absences, des IJSS, du maintien de salaire ou de la subrogation peut rapidement impacter la fiabilité du bulletin de paie. Disposer d’un logiciel de paie bien paramétré et régulièrement mis à jour devient donc essentiel pour fiabiliser le traitement des absences et limiter les risques d’erreurs.
Une bonne coordination entre RH, paie, managers et outils de gestion sera essentielle pour sécuriser les processus.
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Avec les nouvelles évolutions réglementaires, la gestion des arrêts de travail devient plus exigeante : suivi des absences, calcul du maintien de salaire, traitement des IJSS, subrogation… autant de sujets qui nécessitent rigueur et expertise.
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