Les Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) sont des prestations essentielles pour les salariés en arrêt de travail. Versées par l’Assurance Maladie, elles permettent de compenser partiellement la perte de revenu liée à un arrêt pour maladie, accident ou maternité.

Voici un guide complet réalisé par notre experte paie Diane Koffi. Il vous permettra de comprendre leur fonctionnement, leur mode de calcul, les conditions de versement, ainsi que les points de vigilance à connaître.

Qu’est-ce que les IJSS ?

Les IJSS (Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale) sont des compensations financières versées par l’Assurance Maladie lorsqu’un salarié se trouve dans l’incapacité temporaire de travailler, sur prescription médicale.

Elles s’appliquent notamment :

  • En cas de maladie

  • Lors d’un accident du travail

  • Pour une maladie professionnelle

  • En cas de maternité, paternité ou adoption

Objectif : maintenir partiellement les revenus pendant la période d’arrêt.

Conditions pour bénéficier des IJSS

Pour percevoir les indemnités journalières, plusieurs conditions d’ouverture de droits doivent être remplies :

1. Être affilié à la Sécurité Sociale

Le salarié doit être couvert par le régime général de la Sécurité Sociale.

2. Avoir un arrêt de travail prescrit

Un arrêt de travail médicalement justifié est nécessaire.

3. Justifier d’une activité suffisante

Deux options permettent d’ouvrir le droit :

  • Option 1 : avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois civils ou des 90 jours précédant l’arrêt.

  • Option 2 : avoir cotisé sur un revenu au moins égal à 1 015 fois le Smic horaire sur les 6 derniers mois civils.

Calcul des IJSS : comment sont-elles déterminées ?

Base de calcul : le salaire journalier de base

Le montant des IJSS repose sur le salaire journalier de base, qui correspond à la moyenne des salaires bruts perçus pendant les 3 mois civils précédant l’arrêt.

Une récente réforme a abaissé le revenu servant de base au calcul des IJSS. Celui-ci est passé de 1.8 à 1.4 SMIC mensuel, à compter du 1er avril 2025.

Taux d’indemnisation

  • Le montant de l’IJSS est fixé à 50 % du salaire journalier de base.

  • En cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, le calcul est spécifique : le taux peut être supérieur.

Versement des IJSS : modalités pratiques

Fréquence de paiement

Les indemnités journalières sont généralement versées tous les 14 jours.

Prélèvements sociaux

Les IJSS sont soumises à :

  • CSG (Contribution Sociale Généralisée)

  • CRDS (Contribution au Remboursement de la Dette Sociale)

A noter : les IJSS sont imposables (sauf en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle).

Points de vigilance à connaître

⏳ Le délai de carence

  • 3 jours de carence s’appliquent en début d’arrêt maladie (sauf exceptions).

  • 1 jour de carence pour les fonctionnaires et contractuels.

📆 Durée maximale de versement

Elle dépend de :

  • La durée d’affiliation à la Sécurité Sociale.

  • La nature de l’arrêt (maladie, AT/MP, maternité…).

Exemple : en arrêt maladie classique, les IJSS peuvent être versées pendant 360 jours sur 3 ans.

🧾 Déclaration à l’administration

Il est important de déclarer les IJSS perçues dans la déclaration de revenus annuelle.

Comment optimiser la gestion des IJSS en entreprise ?

Côté employeur, les IJSS représentent un enjeu stratégique : retards de versement, erreurs de paie, pertes financières… autant de risques qu’une bonne organisation peut éviter. Voici les bonnes pratiques pour une gestion optimisée.

Mettre en place la subrogation

La subrogation permet à l’employeur de percevoir directement les IJSS versées par la CPAM, tout en maintenant le salaire de l’employé. Cette démarche :

  • Simplifie le traitement de la paie,

  • Évite les avances de trésorerie longues,

  • Garantit un meilleur suivi des montants perçus.

⚠️ Elle doit être déclarée dès l’envoi de l’arrêt de travail à la Sécurité Sociale.

Structurer le suivi administratif

Un suivi rigoureux est indispensable pour sécuriser les versements :

  • Centralisation des arrêts,

  • Suivi des délais de carence et durées maximales,

  • Identification des IJSS attendues et reçues,

  • Relances auprès des CPAM en cas de retard.

Des outils de pilotage RH ou des tableaux de bord dédiés permettent d’automatiser une partie du processus.

Externaliser pour gagner en efficacité

Certaines entreprises choisissent d’externaliser la gestion des IJSS à des experts comme Fortify, pour :

  • Sécuriser les flux financiers,

  • Gagner du temps,

  • Garantir une récupération optimale des indemnités.

Pour aller plus loin

Fortify propose un accompagnement complet, incluant :

  • La gestion des déclarations de subrogation,

  • Le suivi automatisé des paiements,

  • L’analyse des écarts et les relances auprès des caisses.

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